Так, если собственник давальческого сырья имел свидетельство, передача ему переработчиком этого сырья выработанных из него нефтепродуктов не являлось объектом обложения акцизами. Соответственно, переработчик (независимо от наличия или отсутствия у него свидетельства) не начислял акциз по этой операции. Обязанность по начислению акциза по передаваемым нефтепродуктам возникала при их получении у имеющего свидетельство давальца, который при дальнейшей реализации этих нефтепродуктов покупателям, имеющим свидетельство, получит право на налоговый вычет начисленной суммы.

При передаче нефтепродуктов, выработанных из давальческого сырья, не имеющему свидетельства собственнику этого сырья переработчик (независимо от наличия или отсутствия у него свидетельства) должен был уплатить начисленный им по этой операции акциз и предъявить его к оплате собственнику, который в случае дальнейшей реализации этих нефтепродуктов включал этот акциз в отпускную цену.

Если лицо, имеющее свидетельство только на розничную реализацию нефтепродуктов, реализовала полученные им нефтепродукты в режиме оптовой торговли другому лицу, имеющему свидетельство, то необходимо иметь в виду, что право на налоговые вычеты суммы акциза, начисленной при получении нефтепродуктов, распространялось лишь на лиц, имеющих свидетельство на производство, на оптовую реализацию и на оптово-розничную реализацию нефтепродуктов, то НК РФ, до происшедших изменений с 1 января 2007 года, не предусматривал уменьшение вышеуказанной суммы акциза лицами, имеющими свидетельство только на розничную реализацию нефтепродуктов, даже в случае их реализации налогоплательщику, имеющему свидетельство.

Норма, согласно которой лица, имеющие свидетельство только на розничную реализацию нефтепродуктов, не имеют права на налоговые вычеты акциза, начисленного ими по операциям получения нефтепродуктов, основана на том, что при введении нового порядка исчисления и уплаты акцизов по этим товарам предполагалось, что при наличии свидетельства у всех звеньев цепочки продвижения нефтепродуктов от производителя к потребителю уплата акцизов должна была производиться последним звеном этой цепочки, реализовавшим нефтепродукты конечному потребителю, не имевшему свидетельства. Таким образом, поскольку нефтепродукты реализуются, как правило, населению, то есть не имеющим свидетельства лицам, лица, занимавшиеся розничной торговлей, рассматривались как плательщики акцизов в бюджет.[28]

Вместе с тем многие участники рынка нефтепродуктов осуществляли свою деятельность либо как арендаторы мощностей, не являющихся государственной собственностью, либо как перепродавцы, вообще не имеющие мощностей. По этой причине в соответствии с положениями главы 22 "Акцизы" НК РФ эти лица не имели права на получение свидетельства.

Кроме того, свидетельство о регистрации лица, совершающего операции с нефтепродуктами, по своему статусу не является документом, разрешающим осуществление того или иного вида деятельности, без получения которого заниматься данной деятельностью запрещено, и участники российского рынка нефтепродуктов самостоятельно решают вопрос о получении ими этого свидетельства. При этом лица (организации и индивидуальные предприниматели), совершающие операции с нефтепродуктами, имели право на осуществление этих операций независимо от наличия у них данного свидетельства.

В результате по вышеизложенным причинам свидетельства о регистрации лица, совершающего операции с нефтепродуктами, получили лишь 30% участников российского рынка нефтепродуктов.

В то же время в условиях действия новой системы обложения акцизами нефтепродуктов отсутствие свидетельства у того или иного участника движения нефтепродуктов от производителя до их реализации конечному потребителю приводило к двойному налогообложению одного и того же объема нефтепродуктов.