В п.4 ст.108 НК РФ содержится норма, согласно которой привлечение организации к ответственности за совершение налогового правонарушения не освобождает ее должностных лиц при наличии соответствующих оснований от административной, уголовной или иной ответственности. Должностные лица организаций по-прежнему могут быть привлечены к административной ответственности, в частности, за правонарушения, предусмотренные п.12 ст.7 Закона о налоговых органах и иными актами, содержащими положения об административной ответственности. Например, в соответствии со ст. 124 НК РФ незаконное воспрепятствование доступу должностного лица налогового органа не территорию или в помещение налогоплательщика (кроме жилых помещений) влечет взыскание штрафа в размере 5 тыс. руб. Эта санкция может быть применена только к самому налогоплательщику. Таким образом, в случае, если налоговый инспектор незаконно был недопущен на территорию организации, то штраф по НК РФ будет наложен на налогоплательщика – юридическое лицо. На должностное лицо организации, отдавшее соответствующее распоряжение и виновное в невыполнении законного требования налогового инспектора, будет наложено административное взыскание в виде штрафа в размере от 2 до 5 МРОТ на основании подп. 4 п.12 ст. 7 Закона о налоговых органах. Применение административных санкций в отношении должностных лиц должно быть произведено в соответствии с установленными КоАП РСФСР процедурами (ст. 101 НК РФ).

В п.5 ст.108 НК РФ законодатель еще раз указывает на принципиальное различие между исполнением обязанности по исчислению (удержанию) и уплате (перечислению) в бюджет налогов и пени, с одной стороны, и привлечением налогоплательщика (налогового агента) к ответственности за совершение налогового правонарушения, с другой стороны. Данная норма существенно отличается от ст.13 Закона об основах налоговой системы, где не было четкого разделения недоимки по налогу, пени и финансовых санкций.

В п.6 ст.108 НК РФ законодатель установил более чем противоречивое положение о том, что вина лица должна быть установлена вступившим в законную силу решением суда. Представление суду исключительной компетенции в установлении вины лица в совершении налогового правонарушения противоречит прежде всего концепции производства по делам о налоговых правонарушениях, заложенной в самом НК РФ. Коль скоро право привлечения лица к ответственности за налоговые правонарушения предоставлено налоговому органу, именно этот орган на стадии привлечения нарушителя к ответственности и должен установить вину в действиях (бездействии) последнего. В свою очередь суд (арбитражный суд) при рассмотрении иска о взыскании налоговой санкции (иска о признании недействительным решения налогового органа) проверяет обоснованность вывода органа о виновности лица, привлеченного к ответственности. Однако суд (арбитражный суд) не устанавливает эту виновность вместе налогового органа, и нарушитель должен считаться виновным с момента вынесения решения налоговым органам, а не с того момента, когда суд (арбитражный суд) признает вывод налогового органа обоснованным. Нельзя не видеть, что суд в отношениях, регулируемом законодательством о налогах и сборах (в отличие, скажем, от отношений, регулируемом уголовным законодательством), играет факультативную роль: привлечение к ответственности производится в административном порядке, не исключающем добровольное исполнение решения о применение мер ответственности. Данное обстоятельство, к сожалению, в п. 6 ст.108 НК РФ не учтено.

Тем не менее нормы статьи способствуют более действительной защите прав налогоплательщика, поскольку через них реализуется принцип презумпции невиновности.

Вопросы доказывания налоговым органом совершения налогового правонарушения субъектом ответственности вызывают наибольшие разночтения в ходе правоприменительной практики.

Налоговым органам при предъявлении искового заявления в арбитражный суд о взыскании сумм налоговых санкций необходимо в обоснование позиции по делу ссылаться на документы, послужившие основанием для принятия ненормативного акта налогового органа, в соответствии с которым налогоплательщик подлежит привлечению к ответственности за совершение налогового правонарушения, а также необходимо их действительное наличие, поскольку суд оценивает имеющиеся в деле доказательства.