Инвентаризация имущества может осуществляться представителями налоговых органов при необходимости. Порядок ее проведения регулируется Положением о порядке проведения инвентаризации имущества налогоплательщиков при налоговой проверке, утвержденным совместным приказом Минфина и МНС РФ от 10.03.99 № 20н/ГБ-3-04/39.

Проверкой могут быть охвачены только три календарных года деятельности налогоплательщика, непосредственно предшествовавшие году проведения проверки (например, в 2001 году налоговые органы вправе проверить налогоплательщика за 1998-2000гг.) вопрос о проверке налогоплательщика за текущий год был дискуссионным. С точки зрения налоговых органов, в НК РФ (ст.87) определен только нижний предел срока проверки и нет препятствий для проверки налогоплательщика за период (квартал, полугодие, 9 месяцев) текущего года.

Буквальное прочтение п. 1 ст. 87 НК РФ позволяет сделать вывод о неправомерности проверки налоговым органом текущего года, так как оборот «непосредственно предшествующие году проверки» исключает возможность проведения проверки текущего года.

В настоящее время пунктом 27 постановления Пленума ВАС РФ №5 разъяснено, что при толковании п. 1 ст. 87 НК РФ необходимо исходить из того, что «она имеет своей целью установить давностные ограничения при определении налоговым органом периода прошлой деятельности налогоплательщика, который может быть охвачен проверкой, и не содержит запрета на проведение проверок налоговых периодов текущего календарного года».

Запрещается проведение налоговыми органами повторных налоговых проверок по одним и тем же налогам, подлежащим уплате или уплаченным налогоплательщиком за уже проверенный налоговый период, за исключением случаев, когда такая проверка производится в связи с реорганизацией или ликвидацией организации-налогоплательщика или вышестоящим налоговым органом в порядке контроля за деятельностью налогового органа, проводившего проверку.

Налоговый орган не вправе проводить в течение одного календарного года две выездные налоговые проверки и более по одним и тем же налогам за один и тот же период. Фактически законодатель снял запрет на проведение на проведение налоговой проверки один раз в календарном году. В предыдущей редакции ст.89 НК РФ четко было указано , что выездная налоговая проверка проводится не чаще одного раз в год. Теперь, например, если у налогоплательщика уплата НДС производится ежемесячно, возможна ситуация, когда налоговый орган будет проверять налогоплательщика ежемесячно, а так как срок проведения проверки два месяца и вопрос правомерности текущего года не определен, то теоретически возможен случай, что на предприятии в течение текущего года одновременно будут работать три бригады проверяющих и каждая будет проверять уплату НДС по своему периоду (месяцу), периодически сменяясь в течение года. Итого 12 выездных проверок в год только по НДС.

Проверка не может продолжаться более двух месяцев, если иное не установлено законом. В исключительных случаях вышестоящий налоговый орган может увеличить продолжительность выездной налоговой проверки до трех месяцев. При проведении выездных налоговых проверок организаций, имеющих филиалы и представительства, срок проведения проверки увеличивается на один месяц на проведение проверки каждого филиала и представительства. Налоговые органы вправе проверять филиалы и представительства налогоплательщика независимо от проведения проверки самого налогоплательщика. Срок проведения проверки включает в себя время фактического нахождения проверяющих на территории проверяемого налогоплательщика. В эти сроки не засчитываются периоды между вручением налогоплательщику требования о предъявлении документов в соответствии со статьей 93 НК РФ и представлением им запрашиваемых при проведении проверки документов.