Не возникает проблем с определением лица, обязанного удержать налог иностранной компании, в случаях, когда российское лицо является единственной обязанной стороной по внешнеэкономическому контракту и осуществляет платеж непосредственно в адрес этой компании. Однако ситуация осложняется, когда выплата по каким-либо причинам отменяется, производится в натуральной форме либо ее осуществляет третье лицо.

Целесообразно выделить две группы проблем, которые часто являются предметом споров между налоговыми органами и иностранными организациями.

К первой группе относятся споры, возникающих в связи с определением налоговых обязательств иностранных компаний, осуществляющих в Российской Федерации деятельность, связанную с реализацией своих товаров по внешнеторговым контрактам. При осуществлении иностранной фирмой деятельности на условиях краткосрочных внешнеторговых контрактов может возникнуть вопрос о ее налоговом статусе. Дело в том, что при осуществлении регулярной внешнеторговой деятельности многие иностранные компании открывают в России свои представительские офисы (представительства), которые предназначены для представления и защиты интересов фирмы на территории Российской Федерации. Такая деятельность представительств не может рассматриваться как предпринимательская в соответствии с определением ст. 55 ГК РФ. В то же время, если отделение иностранной фирмы, созданное для гражданско-правового представления ее интересов, активно участвует и помогает в осуществлении ее внешнеторговых контрактов, такая деятельность представительства может быть признана налоговыми органами как предпринимательская, направленная на систематическое получение прибыли и приводящая к образованию постоянного представительства для целей налогообложения. Участие постоянного представительства в осуществлении внешнеторговых контрактов иностранных юридических лиц дает основание налоговым органам считать, что такие операции осуществляются от имени иностранных юридических лиц. Аналогичная ситуация может возникнуть при осуществлении иностранной фирмой-экспортером своих внешнеторговых операций через уполномоченное лицо. В ряде случаев такое лицо может быть признано зависимым налоговым агентом.

Вторая группа проблем, которую следует выделить во взаимоотношениях иностранных налогоплательщиков и налоговых органов, связана исключительно с иностранными организациями, на которых распространяется действие налоговых соглашений России и которые имеют претензии к сложившейся в Российской Федерации практике получения льгот, предусмотренных соглашениями, при налогообложении их дохода у источника выплаты. В связи с отечественной практикой предоставления льгот по соглашениям представители иностранных организаций неоднократно поднимали вопрос о несоответствии российского законодательства нормам международного права, имея в виду принцип добросовестного выполнения международных обязательств вытекающих из международных договоров. Текущее законодательство регламентирует два способа применения положений налоговых соглашений: предварительное освобождение от налогообложения пассивных доходов иностранных юридических лиц из источников в РФ и возврат налогов на доходы иностранных фирм из этих источников. Иностранные организации, имеющие право на льготы по налоговым соглашениям, при налогообложении их доходов у источника выплаты должны получить официальное разрешение налоговых органов на освобождение (полное или частичное) от уплаты данного налога. [6]