В том случае, если иностранная организация получает доходы от источников в РФ, эти доходы облагаются налогом у источника выплаты. Это значит, что налог уплачивает не сама иностранная организация, а российский плательщик дохода (это может быть российская организация или представительство иностранной компании в РФ), который в данном случае является налоговым агентом. Здесь является важным, какие именно виды доходов считаются для налоговых целей доходами от источников в России. Раньше существовал довольно длинный список работ и услуг, которые по определению признавались выполненными и предоставленными на территории РФ и соответственно попадали под налог у источника. В частности, в него входили услуги «интеллектуального» характера – консультационные, управленческие, и т.п. В налоговом кодексе такого списка нет – доходы от услуг, оказанных российским резидентам иностранной компанией, не имеющей постоянного представительства в России, не подлежат российскому налогообложению. Для сравнения, в главе 21 Налогового кодекса, посвященной налогу на добавленную стоимость, сходный вопрос о месте реализации услуг для целей обложения НДС решен совершенно иначе. А именно, целый ряд услуг (включающие «интеллектуальные» услуги), считается реализованным в России, если покупатель –российская организация. В том случае, если поставщик услуг не зарегистрирован на НДС в РФ, то обязанность по уплате налога также лежит на покупателе как на налоговом агенте. Цель такого подхода – обеспечение экономической нейтральности НДС.

Первым шагом в анализе объема налогообложения дохода нерезидента в Российской Федерации является установление факта получения данного дохода от источников в Российской Федерации. Общий принцип политики налогообложения доходов иностранной организации заключается в том, что источником налогообложения дохода должна признаваться страна, к которой данный доход имеет существенное экономическое отношение. В правилах определения источников дохода традиционно различают доходы «активные» и «пассивные». Под «активным доходом» понимают доход, полученный в результате какой-либо деятельности налогоплательщика. Источником такого дохода считается место осуществления деятельности, из которой извлекается доход. Источником «пассивного дохода», т.е. такого дохода, который не связан с какой-либо существенной деятельностью налогоплательщика, в большинстве случаев признается место нахождения источника выплаты такого дохода.

Как правило в отношении источника дохода зачастую указывают налоговые соглашения, по крайней мере косвенно, через предоставление одной из сторон соглашения права на налогообложение определенных категорий дохода, полученного резидентами другой стороны соглашения. Так, например, дивиденды, выплачиваемые корпорацией, организованной в одной стране, резиденту другой страны, подлежат налогообложению в первой стране. Данная страна, таким образом, признается источником этих дивидендов.

Перечень правил для установления источника для определенных категорий доходов содержится в статье 309 НК РФ. Правила в целом соответствуют принятой в других странах практике и налоговым соглашениям. Не хватает в статье 309 НК РФ общего правила определения доходов, полученных из источников в России. Последним пунктом в списке указаны «иные аналогичные доходы». При этом виды доходов, вошедшие в этот перечень, очень конкретны и разнообразны, так что термин «аналогичные» здесь не уместен, что повлекло практическую неприменимость данной нормы.

Согласно статье 309 НК РФ, некоторые категории доходов, полученных нерезидентами, не подлежат налогообложению. В частности, необлагаемыми являются доходы от продажи товаров или иного имущества, доходы от исполнения работ или оказания услуг на территории РФ, «которые не ведут к образованию постоянного представительства» (п. 2 ст. 309 НК РФ). Таким образом, настоящим положением любые потенциальные доходы от предпринимательской деятельности без образования постоянного представительства освобождаются от налогообложения в РФ. Такой подход полностью соответствует подходу налоговых соглашений.

Одним из важнейших аспектов правил установления страны-источника доходов и удержания налогов является определение соответствующих типов доходов. Значительная доля трудностей в администрировании правил удержания налогов связана с проблемой установления истинного характера доходов. В отношении разных доходов применяются разные ставки налогообложения, в результате чего у налогоплательщиков появляется соблазн придать одному виду доходов формальные признаки другого и таким образом воспользоваться льготной ставкой, предусмотренной для доходов от роялти. Так, например, доход, фактически полученный от роялти, может быть формально представлен как часть дохода от продажи программного обеспечения, что дает право получателю такого дохода воспользоваться освобождением от налога, предусмотренным для доходов от продажи товаров при ведении предпринимательской деятельности без образования постоянного представительства (п. 2 ст. 309 НК РФ). Доход от роялти также может быть представлен как доход от ренты с вытекающим из этого снижением применяемой в отношении такого дохода ставки с 20% до 10%. Или же налогооблагаемый доход от процентов, где роялти может быть представлен как доход от выполнения работ или оказания услуг, который вообще является необлагаемым.