Вопрос о судебной практике как источнике права является дискуссионным. Однако нельзя не признать, что решения высших судебных органов — Верховного Суда Российской Федерации и Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации имеют самое непосредственное влияние на практику применения нормативных актов о налогах и сборах.

Конституция РФ установила, что решения и действия (или бездействие) органов государственной власти, органов местного самоуправления, общественных объединений и должностных лиц могут быть обжалованы в суд. Конституция РФ не исключает возможности проверки судами общей юрисдикции и арбитражными судами соответствия нормативных актов ниже уровня федерального закона иному, имеющему большую силу акту. Причем такой контроль может проводиться как при рассмотрении конкретного дела, так и вне связи с его рассмотрением.

Выполняя эти полномочия, Верховный Суд РФ рассматривает жалобы граждан и государственных органов о признании недействительными и не подлежащими применению нормативных актов, принятых с нарушением законов или актов большей юридической силы. Предметом проверки становятся постановления Правительства РФ, нормативные акты министерств и ведомств.

К примеру, Решением Верховного Суда РФ от 2 сентября 1998 г. № ГКПИ 98-412 признаны недействительными и не подлежащими применению п. 6 и 7 постановления Правительства РФ от 21 июля 1998г. № 800 «О мерах по обеспечению своевременной выплаты государственных пенсий». Этим постановлением были изменены ставки платежей в Пенсионный фонд Российской Федерации, порядок исчисления базы для расчета этих платежей. Верховный Суд РФ пришел к выводу, что постановление принято с нарушением компетенции, установленной Правительству РФ Конституцией РФ и федеральными законами.

Имеются многочисленные примеры признания Верховным Судом РФ недействительными положений, инструкций, нормативных писем МНС России, Минфина России.

Решение Верховного Суда РФ об отмене того или иного нормативного акта порождает новые права и обязанности участников налоговых отношений, и только в этом смысле такое решение становится нормотворчеством. Однако суд не создает новой нормы права, не определяет правила, подлежащие исполнению. Вместо отмененного акта начинают действовать иные нормы, а в случае, если образуется пробел в регулировании, отношения строятся исходя непосредственно из норм Конституции РФ. Поэтому о нормотворческой деятельности Верховного Суда РФ можно говорить с долей условности.

В силу ст. 138 части первой НК РФ арбитражным судам подведомственны дела по спорам об обжаловании организациями и индивидуальными предпринимателями нормативных правовых актов налоговых органов, например инструкций.

Другое проявление деятельности высших судебных органов в сфере налогового права — это издание обзоров судебной и судебно-арбитражной практики. Право Верховного Суда РФ и Высшего Арбитражного Суда РФ давать разъяснений по вопросам судебной практики закреплено в Конституции РФ (ст. 126, 127).

Здесь особенно заметна роль Высшего Арбитражного Суда РФ. Пленум ВАС РФ рассматривает материалы изучения и обобщения практики применения законов и других правовых актов арбитражными судами и дает разъяснения по вопросам судебной практики, которые обязательны для арбитражных судов. Президиум ВАС РФ рассматривает отдельные вопросы судебной практики и о результатах информирует нижестоящие арбитражные суды (ст. 13, 16 Федерального конституционного закона от .28 апреля 1995 г. № 1-ФКЗ «Об арбитражных судах в Российской Федерации»).

В качестве примера можно привести информационные письма Президиума ВАС РФ от 10 декабря 1996 г. № 9 «Обзор судебной практики применения законодательства о налоге на добавленную стоимость», от 14 ноября 1997 г. № 22 «Обзор судебной практики применения законодательства о налоге на прибыль». Помимо этих весьма объёмных документов Президиумом ВАС РФ издан ряд информационных писем по отдельным вопросам практики применения налогового законотворчества. ВАС РФ направляет такие письма арбитражным судам в качестве рекомендаций для их практической деятельности.