Как уже отмечено, налоговая полиция имеет право самостоятельно проводить контрольные проверки отдельных юридических и физических лиц по соблюдению ими налогового законодательства, однако о результатах и своих решениях должна извещать налоговые органы. Споры, возникающие между отдельными подразделениями полиции и итоговыми инспекциями по результатам таких проверок, и в других случаях должны разрешаться их вышестоящими органами. В случае разногласий между ними спор рассматривается Министерством финансов Российской Федерации, а при несогласии одной из сторон с его решением вердикт выносит Высший арбитражный суд Российской Федерации.

Взаимодействие налоговой полиции с органами внутренних дел осуществляется в соответствии с совместным приказом МВД РФ и ГНС РФ от 4 сентября 1992 г. № 308/ИЛ-3-90 "О мерах по организации взаимодействия органов внутренних дел и налоговой службы в предупреждении, пресечении и раскрытии преступлений в сфере экономики" с Федеральной службой безопасности – на основе специального соглашения, заключенного между ними. В этих документах предусмотрены следующие основные направления взаимодействия:

1. Создание координационных рабочих групп из представителей заинтересованных подразделений МВД и ФСНП РФ. В их задачу входят: определение наиболее перспективных направлений совместной работы; планирование отдельных крупных мероприятий, в том числе рейдов, проверок; организация обучения личного состава подразделений БЭП и налоговой полиции приемам и методам выявления и документирования преступлений в сфере налогового законодательства, проведение совместных совещаний и семинаров; обобщение опыта работы взаимодействующих подразделений и разработка рекомендаций по ее совершенствованию; подготовка и рассылка в соответствующие подразделения аналитических обзоров, справок.

2. Проведение регулярных рабочих встреч оперативных работников, специализирующихся на раскрытии экономических преступлений в отраслях и на объектах народного хозяйства, для координации усилий по предупреждению, пресечению противоправной деятельности и раскрытию преступлений. В ходе таких встреч устанавливаются личные контакты между оперативными работниками рассматриваемых ведомств, осуществляется взаимное консультирование по вопросам, входящим в компетенцию каждого из них; анализируется криминогенная обстановка на обслуживаемой территории, конкретном объекте; уточняются права, обязанности и оперативные возможности сторон, обсуждаются и другие вопросы в пределах компетенции.

3. Обмен информацией, представляющей интерес для взаимодействующих сторон, организуется на плановой основе либо по мере необходимости. В зависимости от характера и содержания информации он осуществляется в письменной или устной форме, по запросу компетентного органа или по инициативе одной из сторон на уровне руководства органа или непосредственно между сотрудниками. Взаимодействие информационных систем ФСНП, с одной стороны, и МВД и ФСБ – с другой, имеет целью обмен оперативной информацией о фактах уклонения от налогов юридических и физических лиц, в том числе путем бартерных и иных сделок по приобретению и сбыту сырья, материалов и готовой продукции. Важен также обмен информацией о новых способах совершения преступлений, нетрадиционных формах и методах работы отечественных и зарубежных правоохранительных органов, сведениями о лицах, представляющих оперативный интерес. Федеральная служба налоговой полиции и ее подразделения информируют органы внутренних дел и ФСБ. о состоянии криминогенной обстановки по линии своей деятельности. Органы внутренних дел и безопасности тоже информируют налоговую полицию о ставших известными им фактах нарушений налогового законодательства конкретными юридическими и физическими лицами, о преступных намерениях отдельных лиц в отношении объектов и сотрудников Госналогслужбы и налоговой полиции, и т.п.