В процессе взаимодействия стороны должны исходить из ряда общих положений (принципов). Важнейшими из них являются:

- соответствие совместной деятельности требованиям закона и подзаконных актов. Стороны не могут решать задачи, запрещенные соответствующими нормативными актами, вы ходить за пределы своей компетенции, использовать формы, средства и методы, не предусмотренные законом;

- самостоятельность каждой из сторон в выборе дозволенных законом средств и методов деятельности, в частности оперативно-розыскных, и полная ответственность за их результаты. Взаимодействие не должно приводить к командованию, а тем более подмене одного органа другим;

- взаимное доверие сторон при строгом соблюдении каждой из них государственной и служебной тайн, неразглашении иных сведений, охраняемых законом. Стороны должны обеспечивал, необходимую конфиденциальность, не допускать разглашения сведений о совместных мероприятиях, используемых силах и средствах, сохранять и, в установленном порядке, использовать полученную информацию и материалы. Любую информацию, затрагивающую интересы другой стороны, передавать иным организациям только по согласованию с нею;

- плановость и непрерывность взаимодействия. Сторонам целесообразно согласовывать перспективное и текущее планирование по конкретным направлениям совместной деятельности, объектам налогообложения, уголовным и оперативно- розыскным делам;

- возмездность – при оказании помощи в выполнении некоторых видов работ (услуг) учитываются определенные материальные затраты, которые необходимо возместить сторонам, компенсировать понесенные ими издержки.

Условия, формы и порядок взаимодействия органов налоговой полиции с Государственной налоговой службой регулируются Законом РФ "О федеральных органах налоговой полиции", совместным приказом ДНП и ГНС от 14 марта 1994 г. № 67-3-14/18/77 "Об организации взаимодействия органов Государственной налоговой службы Российской Федерации и Федеральной службы налоговой полиции Российской Федерации", а также приложением к этому приказу, определяющим порядок проведения налоговыми органами и органами налоговой полиции мероприятий по контролю за соблюдением налогового законодательства.

В соответствии с указанными правовыми актами руководители органов ФСНП и ГНС Российской Федерации обязаны постоянно координировать действия соответствующих служб и подразделений по своевременному выявлению и пресечению нарушений налогового законодательства, а также решению других вопросов, представляющих взаимный интерес. В этих целях должны создаваться рабочие группы, проводиться регулярные встречи представителей заинтересованных подразделений для согласования действий, а наиболее важные проблемы выноситься на рассмотрение совместных заседаний коллегий.

Одной из форм такого взаимодействия является проведение плановых совместных проверок юридических и физических лиц на предмет соблюдения ими налогового законодательства. Такие проверки осуществляются на основе согласованных квартальных планов контрольной работы. Однако органы налоговой полиции могут в любое время обратиться в налоговые инспекции на местах с мотивированным письменным запросом о выделении необходимых специалистов для проведения совместных проверок.

В те же сроки, в случае необходимости, органы налоговой полиции по мотивированному запросу Государственной налоговой службы и ее инспекций должны выделять своих сотрудников для проверки фактов налоговых правонарушений. Это может иметь место, в частности, котла налоговые органы обнаруживают в действиях должностных лиц предприятий, учреждений, организаций и граждан признаки преступления, требующего дознания, а также при наличии обстоятельств, угрожающих безопасности сотрудников налоговых органов. Полные или тематические совместные проверки могут проводиться и по указаниям вышестоящих инстанций.