Решения коллегии принимаются большинством голосов её членов, оформляются протоколами и реализуются, как правило, приказами Министра.

В случае разногласий между Министром и членами коллегии решение принимает Министр, докладывая о возникших разногласиях Правительству РФ. Члены коллегии также могут сообщить своё мнение в Правительство РФ[10].

Высшую ступеньку в иерархии налоговых органов занимает центральный аппарат Министерства Российской Федерации по налогам и сборам. Его структурная схема включает пятнадцать департаментов по основным направлениям деятельности.

В рамках решения поставленных задач отраслевые департаменты изучают и анализируют практику применения действующего налогового законодательства на местах, с учетом отечественного и зарубежного опыта ведут разработку актуальных аспектов налоговой политики, участвуют в подготовке законодательных актов по конкретным видам налогообложения, разрабатывают инструкции, методические рекомендации, указания о порядке исчисления и взимания того или иного вида налога. Они вправе осуществлять либо принимать участие в комплексных и тематических проверках территориальных инспекций МНС РФ. В их компетенцию входит рассмотрение писем, жалоб и заявлений налогоплательщиков на действия должностных лиц, налоговых инспекций, контроль за изданием нормативных актов министерствами, ведомствами, если они имеют отношение к платежам налогов и сборам в бюджет и др.

Непосредственные задачи других подразделений цент­рального аппарата реализуются в основном в рамках обеспечительных и вспомогательных функций. К при­меру, юридическое управление, которое состоит из отдела правового обеспечения налогообложения и отдела нормативных актов и контроля за организацией правовой работы в налоговых органах, должно обеспе­чивать соответствие действующему законодательству всех нормативных актов, издаваемых Министерством РФ по налогам и сборам, защищать права и законные интересы Министерства в судах, а также органах государственной власти и управления, участвовать в разработке и совершенство­вании законов о налогах и налоговых органах, осущест­влять методическое руководство правовой работой МНС РФ, систематизировать правовые акты, обеспечивать правовой информацией руководящие и структурные подразделения налоговых органов, анализиро­вать практику правовой работы на местах и т. д.

Постановлением Правительства Российской Федерации от 27 февраля 1999 года № 254 «Вопросы Министерства Российской Федерации по налогам и сборам» установлена предельная численность работников центрального аппарата министерства в количестве 945 единиц, разрешено Министру иметь 12 заместителей, в том числе двух первых, и коллегию в количестве 25 человек.1

Сложившаяся системно-структурная схема налоговых органов, к сожалению, не полностью отвечает современным требованиям. Специалисты центрального аппарата МНС России с участием представителей Международного валютного фонда и Всемирного банка еще в 1999г. завершили подготовку проекта модернизации налоговой службы России, для осуществления коренной перестройки организационной схемы налоговых органов и тем самым создания инфраструктуры, необходимой для работы с возрастающим числом нало­гоплательщиков.

В рамках осуществления проекта, некоторые изменения уже прочно вошли в жизнь налоговых органов. В налоговых инспекциях по району (городу) созданы подразделения по обслуживанию налогоплательщиков, электронной обработке данных и сбора недоимок. Подразделение по обслуживанию налогоплательщиков готовит и периодически проводит семинары налогоплательщиков, своевременно информируя об из­менениях в их обязанностях в области налогообложе­ния, на его сотрудников возлагается подготовка информационных материалов и руководств по налого­вым вопросам, дача консультаций и разъяснений. В этом же подразделении осуществляется постанов­ка на налоговый учет и присвоение налогоплательщику единого идентификационного номера. Подразделение обработки данных отвечает за ввод информации из налоговых деклараций и иных документов, и ее обработку. Подразделение сбора недоимок проводит непосредственную работу с нарушителями налоговой дисциплины и осуществляет взыскания сокрытых от налогообложения сумм.

Внедряется концепция самоначисления налогов, при которой налогоплательщик определяет причитаю­щиеся с него налоговые суммы без вмешательства сотрудников налоговых органов, а налоговая инспекция принимает произведенный налогоплательщиком расчет на условиях его последующей проверки.