Под грубым нарушением правил учета доходов и расходов и объектов налогообложения для целей настоящей статьи понимается отсутствие первичных документов или отсутствие счетов-фактур или регистров бухгалтерского учета, систематическое (два раза и более в течение календарного года) несвоевременное или неправильное отражение на счетах бухгалтерского учета и в отчетности хозяйственных операций, денежных средств, материальных ценностей, нематериальных активов и финансовых вложений налогоплательщика.

Размер санкций установлен в зависимости от того, в течение скольких налоговых периодов совершалось подобное правонарушение. Если в течение одного налогового периода, то сумма штрафа составляет 5 тысяч рублей, если в течение нескольких - 15 тысяч рублей. Те же деяния, если они повлекли занижение налоговой базы, влекут взыскание штрафа в размере 10 процентов от суммы неуплаченного налога, но не менее 15 тысяч рублей.

При применении ст.120 НК РФ необходимо обратить внимание на два существенных момента.

1) Отсутствие одного первичного документа (или счета - фактуры) не может считаться грубым нарушением правил учета доходов и расходов и объектов налогообложения, так как ст.120 НК РФ упоминает об этих документах во множественном числе.

2) Налоговые периоды по разным налогам различны (по НДС - месяц (квартал), по налогу на прибыль - год). Поэтому встает вопрос, как следует квалифицировать указанное правонарушение (по п.1 или п.2 ст.120 НК РФ) в случае, когда грубое нарушение правил учета доходов и расходов и объектов налогообложения касается налогов, у которых налоговые периоды различны. Например, организация в течение полугода неправильно отражала на счетах бухгалтерского учета выручку от реализации продукции. Таким образом, по налогу на прибыль правонарушение совершалось в течение одного налогового периода, а по НДС - в течение нескольких периодов. В данном случае правонарушение должно квалифицироваться по п.2 ст.120 НК РФ, поскольку в действиях лица будет иметь место состав правонарушения, предусмотренный этим пунктом. То есть в подобной ситуации достаточно факта грубого нарушения хотя бы по одному налогу.