В качестве меры ответственности за налоговые правонарушения Налоговый кодекс РФ называет налоговую санкцию, которая устанавливается и применяется только в форме штрафа. Таким образом, налоговое правонарушение в отличие от административного проступка не может повлечь применения таких мер ответственности, как предупреждение, конфискация, исправительные работы и т. д.

Указанный штраф представляет собой денежное взыскание в доход государства, назначаемое в пределах, предусмотренных Налоговым кодексом РФ.

Размеры штрафа определяются в статьях Налогового кодекса РФ либо в твердой сумме (например, в ст. 126 НК РФ — 50 рублей, в ст. 116 НК РФ — 5000 рублей), либо в процентах от определенной величины (в ст. 122 НК РФ — от неуплаченной суммы налога, в ст. 117 НК РФ — от доходов, полученных за время уклонения налогоплательщика от постановки на налоговый учет).

Ответственность за налоговые правонарушения носит карательный характер. Меры ответственности, предусмотренные Налоговым кодексом, выходят за рамки налогового обязательства как такового. Суммы штрафов уплачиваются правонарушителем помимо перечисления в бюджет суммы недоимки, а также пеней за просрочку исполнения обязанности по уплате налога. Кроме того, при совокупности налоговых правонарушений, то есть совершении лицом двух и более наказуемых деяний, налоговые санкции взыскиваются за каждое правонарушение в отдельности без поглощения менее строгой санкции более строгой, а размер штрафа определяется с учетом обстоятельств, смягчающих или отягчающих ответственность за совершение налогового правонарушения, если таковые будут установлены и впоследствии признаны судом. При этом наличие этих обстоятельств должно подтверждаться соответствующими доказательствами.

Согласно ст. 108 НК РФ никто не может быть привлечен повторно к ответственности за совершение одного и того же налогового правонарушения. Поэтому нельзя говорить о совокупности правонарушений, а значит, и о сложении санкций, когда действия или бездействие субъекта хотя и подпадают под признаки разных правовых норм, но одна из них охватывает правонарушение полностью, а все другие — лишь отдельные его части. В таком случае к лицу может быть применена только одна мера ответственности.