Согласно п. 6 ст. 5 Закона № 222-ФЗ форма Книги учета доходов и расходов и порядок отражения в ней хозяйственных операций субъектами малого предпринимательства, применяющими упрощенную систему налогообложения, учета и отчетности, устанавливаются Минфином России. Приложением № 2 приказа Минфина России от 22.02.1996 г. № 18 "О форме книги учета доходов и расходов и порядке отражения в ней хозяйственных операций субъектами малого предпринимательства, применяющими упрощенную систему налогообложения, учета и отчетности" утвержден "Порядок отражения в Книге учета доходов и расходов хозяйственных операций субъектами малого предпринимательства, применяющими упрощенную систему налогообложения, учета и отчетности". Здесь следует заметить, что в настоящее время для индивидуальных предпринимателей и с традиционной, и с упрощенной системой налогообложения, учета и отчетности, действующим законодательством не установлены особые формы, порядок ведения и оформления первичной учетной (бухгалтерской) документации. В состав расходов предпринимателя без образования юридического лица включаются фактически произведенные и документально подтвержденные расходы, непосредственно связанные с получением дохода , причем состав расходов предпринимателя определяется им самостоятельно на основе Положения о составе затрат № 552 от 05.08.1992 г. (с последующими изменениями и дополнениями).

Если предприниматель одновременно с деятельностью по упрощенной системе ведет другую деятельность по обычной системе налогообложения, расходы, связанные с деятельностью на патенте, не принимаются во внимание при исчислении подоходного налога по другой деятельности. Предпринимателю на заметку:

Уплата страховых взносов, исчисляемых исходя из стоимости патента, не предполагает освобождение от начисления страховых взносов и их уплаты при привлечении индивидуальным предпринимателем наемных работников по трудовым или гражданско-правовым договорам. В случае заключения таких договоров у предпринимателя возникают дополнительные обязательства перед внебюджетными фондами, которые никак не связаны с упрощенной системой налогообложения, учета и отчетности.

Доходы, полученные индивидуальным предпринимателем от предпринимательской деятельности по патенту и иной (не по патенту) деятельности, указываются в ежегодно подаваемой Декларации о доходах физических лиц отдельно. Причем сумма дохода, полученная по патенту, в расчет по декларации не включается. Это принципиальное правило необходимо, чтобы не допустить двойного налогообложения подоходным налогом доходов физического лица. В Москве это правило было подтверждено в письме ГНИ по г. Москве от 19.12.1997 г. № 34-13/33357, согласно которому "сумма дохода, полученная по патенту, в расчет по декларации не включается".

Статьей 227 Налогового Кодекса РФ установлено, что начиная с 2001 г. индивидуальные предприниматели исчисляют и уплачивают налог на доходы по сумме доходов, полученных от осуществления такой деятельности. Согласно пп. 1 ст. 221 Налогового Кодекса РФ при исчислении налоговой базы индивидуальные предприниматели имеют право на получение профессиональных вычетов в сумме фактически произведенных ими и документально подтвержденных расходов, непосредственно связанных с извлечением доходов. Таким образом, для индивидуальных предпринимателей в 2001 г. порядок исчисления налога на доходы физических лиц аналогичен порядку исчисления подоходного налога с физических лиц, действовавшем до 2001 г. для этой категории налогоплательщиков.

Согласно налоговому законодательству, действовавшему до 1 января 2001 года, предприниматели, применявшие упрощенную систему налогообложения, плательщиками налога на добавленную стоимость не являлись. Статьей 143 Налогового кодекса предприниматели отнесены к плательщикам налога на добавленную стоимость. Поэтому с 1 января 2001 года права и обязанности налогоплательщика в части НДС в полном объеме распространяются на предпринимателя, применяющего упрощенную систему.

При этом ст. 145 Налогового Кодекса РФ предусмотрено освобождение индивидуальных предпринимателей от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога при определенных условиях. Налог не уплачивается, если в течение трех предшествующих налоговых периодов (трех предыдущих календарных месяцев) налоговая база индивидуальных предпринимателей, исчисленная по операциям, признаваемым объектом налогообложения, без учета НДС и налога с продаж не превысила 1 млн. руб. В соответствии со статьей 235 Налогового кодекса предприниматель, использующий упрощенную систему, в числе других налогоплательщиков с 1 января 2001 года стал плательщиком единого социального налога. Объектом налогообложения для предпринимателей, применяющих упрощенную систему, является доход, определяемый исходя из стоимости патента (статья 236 Налогового кодекса). Обязанность по уплате соцналога наступает одновременно с обязанностью по оплате стоимости патента, т. е. авансом на начало очередного квартала, на дату, определяемую ГНИ. Расчет авансовых платежей соцналога, исходя из стоимости патента, выполняет для предпринимателя налоговая инспекция.