В работе по управлению информационными потоками могут использоваться разные методы: традиционный метод – когда сбор, обработка и анализ информации по разным видам налогов ведётся раздельно, на уровне территориальных (местных) налоговых органов; субъективно-функциональный метод – когда отчётность по всем видам налогов собирается и анализируется по налогоплательщикам, а работники местных налоговых органов специализируются по отдельным этапам налогового процесса (приём и первичная обработка налоговой отчётности, сведение отчётности, полученной от налогоплательщиков, с данными, полученными из других источников, выявление и проверка сомнительных налогоплательщиков, работа по начислению и взысканию налоговой недоимки, выявление налоговых нарушений и преследование виновников таких нарушений); метод централизованной работы с налоговой информацией – когда работа с налоговой информацией концентрируется в информационных центрах, охватывающих крупные регионы.

В современных условиях в большинстве развитых стран налоговые органы активно используют новые информационные технологии, что позволяет отдать предпочтение именно последнему методу. Однако внедрению этого метода в широких масштабах мешает необходимость выделения крупных ассигнований на перестройку работы налоговых органов, а также определённое общественное противодействие, основанное на опасениях перерастания современного государства в тоталитарную структуру, использующую эти технологии для контроля за жизнью и деятельностью граждан.