Субъектами налогового учета являются органы, наделенные властными полномочиями по осуществлению в отношении налогоплательщиков налогового учета и ведению соответствующего реестра, т.е. налоговые органы (ст. 83, 84 НК РФ).

Таможенные органы в пределах своей компетенции также, как и налоговые органы, осуществляют налоговый контроль за соблюдением налогового законодательства в порядке, установленном главой 14 НК РФ, которая предусматривает осуществление налогового учета (ст. 83, 84 НК РФ). Однако таможенные органы не наделены законодателем полномочиями по проведению налогового учета. Осуществление организациями и физическими лицами внешнеэкономической деятельности не является законодательно установленным основанием налогового учета. Учет участников внешнеэкономической деятельности, осуществляемый таможенными органами, не будет являться налоговым учетом, и налоговые санкции за нарушение порядка такого учета применяться не должны.

Объектом налогового учета являются действия (бездействие) организаций и физических лиц по предоставлению информации, необходимой для постановки на налоговый учет, переучета или снятия с налогового учета, а также для формирования Единого государственного реестра налогоплательщиков[5].