До 1 января 2002 г. система платежей при пользовании недрами, устанавливалась Законом РФ от 21.02.1992 № 2395-1 “О недрах” (далее - Закон № 2395-1) и включала в себя сборы за участие в конкурсе (аукционе) и выдачу лицензий, платежи за пользование недрами, отчисления на воспроизводство минерально-сырьевой базы (ВМСБ), акцизы. С вступлением в силу главы 26 НК РФ структура платежей за пользование недрами, предусмотренная статьей 39 Закона № 2395-1, претерпела изменения: платежи за пользование недрами при добыче, отчисления на ВМСБ и акцизы на минеральное сырье были заменены налогом на добычу полезных ископаемых (НДПИ).

Несмотря на то, что Закон № 2395-1 претерпел некоторые изменения, он по прежнему остается в силе. В соответствии с ним недра - это часть земной коры, расположенной ниже почвенного слоя, а при его отсутствии - ниже земной поверхности и дна водоемов и водотоков, простирающейся до глубин, доступных для геологического изучения и освоения. Данным Законом регулируются любые отношения, возникающие в связи с геологическим изучением, использованием и охраной недр территории Российской Федерации, ее континентального шельфа, а также в связи с использованием отходов горнодобывающего и связанных с ним перерабатывающих производств, торфа, сапропелей и иных специфических минеральных ресурсов, включая подземные воды, рассолы и рапу соляных озер и заливов морей. К основным видам недропользования относятся:

1) региональное геологическое изучение (геолого-геофизические работы, научно-исследовательские, палеонтологические и другие работы, направленные на общее геологическое изучение недр, работы по прогнозированию землетрясений и исследованию вулканической деятельности и т.д.);

2) геологического изучение, включающее поиски и оценку месторождений полезных ископаемых, а также геологического изучения и оценки пригодности участков недр для строительства и эксплуатации подземных сооружений, не связанных с добычей полезных ископаемых;

3) образование особо охраняемых геологических объектов, имеющих научное, культурное, эстетическое, санитарно-оздоровительное и иное значение (научные и учебные полигоны, геологические заповедники, заказники, памятники природы, пещеры и другие подземные полости) и т.д.

Участки недр предоставляются в пользование только при наличии специального государственного разрешением в виде лицензии субъектам предпринимательской деятельности.

Как уже указывалось выше с 1 января 2002 года произошли изменения в системе платежей за недра в связи с вступлением в силу главы 26 НК РФ и в настоящее время она включает в себя следующие виды платежей:

1. разовые платежи за пользование недрами при наступлении определенных событий, оговоренных в лицензии (уплачиваются, как правило, при выходе организации на проектную мощность; стартовые размеры разовых ставок устанавливаются в размере не менее 10% от величины суммы НДПИ в расчете на среднегодовую проектную мощность добывающей организации, а окончательный размер - по результатам конкурса или аукциона на предоставление права пользования недрами);

2. регулярные платежи за пользование недрами (вносятся за предоставление пользователям недр исключительных прав на поиск и оценку месторождений полезных ископаемых, разведку полезных ископаемых, геологическое изучение и оценку пригодности участков недр для строительства и эксплуатации сооружений, не связанных с добычей полезных ископаемых, строительство и эксплуатацию подземных сооружений, не связанных с добычей полезных ископаемых, за исключением инженерных сооружений неглубокого залегания, используемых по целевому назначению отдельно по каждому виду работ);

3. плату за геологическую информацию о недрах (взимается за пользование таковой информацией, полученной в результате государственного геологического изучения недр от федерального органа управления государственным фондом недр; минимальный размер платы за геологическую информацию о недрах установлен в размере 10 000 руб.; при этом размер этой платы может быть увеличен с учетом объема предоставленной информации, ее вида, потребительских свойств, но не может превышать величины затрат государственных средств на геологическое изучение недр, в результате которого была получена данная информация.);