Оценка стоимости добытых полезных ископаемых определяется налогоплательщиком одним из следующих способов:

1) исходя из сложившихся у налогоплательщика за соответствующий налоговый период цен реализации без учета государственных субвенций;

2) исходя из сложившихся у налогоплательщика за соответствующий налоговый период цен реализации добытого полезного ископаемого;

3) исходя из расчетной стоимости добытых полезных ископаемых.

Ставки НДПИ устанавливаются с учетом размера ставок платежей за пользование недрами, части отчислений на воспроизводство минерально-сырьевой базы, зачисляемой в бюджетную систему Российской Федерации, а при добыче нефти - с учетом ставки акциза. Ставка НДПИ устанавливается в процентах от стоимости добытых полезных ископаемых (например, существуют такие виды ставок, как нулевая ставка (используется при добыче полезных ископаемых в части нормативных потерь полезных ископаемых, разработке подземных вод, содержащих полезные ископаемые, минеральных вод и т.д.), ставка 3,8 % при добыче калийных солей, 4,8 % при добыче кондиционных руд черных металлов и так далее.), так же устанавливаются специфические ставки на нефть – 419 руб. за тонну, а на добычу полезных ископаемых при добыче газа горючего природного из всех видов месторождений углеводородного сырья - 135 руб. за 1000 куб. м газа.

Сумма налога исчисляется по итогам каждого налогового периода по каждому добытому полезному ископаемому. Налог подлежит уплате по месту нахождения каждого участка недр или по месту нахождения организации или месту жительства индивидуального предпринимателя.