Серьезное расхождение бухгалтерского и налогового учета началось в 1995 г. Приказом Минфина от 26.12.195 г. №170 утверждено «Положение о бухгалтерском учете и отчетности», которое ввело в бухучет применяемый во всем мире принцип «временной определенности фактов хозяйственной деятельности», т.е. выручка от реализации в бухучете стала определятся только одним способом – «по отгрузке» (устойчивый термин). Однако, в связи с некоторыми особенностями российского бизнеса (слабой финансовой дисциплиной, валом неплатежей, неразвитостью системы арбитражных судов и пр.), предприятиям разрешается в целях налогообложения признавать выручку «по оплате» (устойчивый термин). Таким образом, в бухгалтерском учете отражается выручка за продукцию, которая передана заказчику (право собственности перешло к заказчику), а в целях налогообложения принимается выручка оплаченная, т.е. фактические средства, полученные в оплату отгруженной продукции. Разница между этими двумя «выручками» и величиной прибыли бывает очень значительной и даже противоположной. На практике достаточно часто бывает, что по бухгалтерскому учету (по отгрузке) предприятие имеет прибыль, а по налоговому учету (по оплате) – убыток.

В последующие годы количество статей затрат, которые по разному учитываются в бухгалтерском и налоговом учете увеличился настолько, что возникла необходимость в специальной форме, для расчета налогооблагаемой прибыли. В 1997 г. появилась «Справка о порядке определения данных, отражаемых по строке 1 «Расчета (налоговой декларации) налога от фактической прибыли».

С введением гл. 25 НК РФ эти два вида учета окончательно разделились. Статья 313 НК РФ гласит: «налогоплательщики исчисляют налоговою базу по итогам каждого отчетного (налогового) периода на основе данных налогового учета», т.е. в кодексе закреплено ведение специального налогового учета, причем формы первичных учетных документов налогоплательщик должен разработать самостоятельно.