Прежде всего, получение освобождения от НДС является правом, а не обязанностью налогоплательщиков. Поэтому решение об использовании или не использовании своего права на освобождение предпринимателю, как и любому другому налогоплательщику, необходимо принимать только на основе тщательного просчета всех экономических последствий такого решения. Если налогоплательщик перестает быть плательщиком НДС, то это не всегда приводит к получению им дополнительной прибыли (дохода). В данном случае применимы все подходы экономического анализа по оценке эффективности.

Предпринимателям, решившим воспользоваться освобождением, следует знать, что его получение не освобождает их от исполнения большинства иных обязанностей, предусмотренных гл.21 НК РФ (п.2.4 Методических рекомендаций по НДС). Так, даже получив освобождение, предприниматели по-прежнему обязаны выставлять свои и учитывать поступившие счета-фактуры, вести книги продаж и покупок, а также журналы выставленных и полученных счетов-фактур. При этом в соответствии с п.5 ст.168 НК РФ "расчетные документы, первичные учетные документы оформляются и счета-фактуры выставляются без выделения соответствующих сумм налога. При этом на указанных документах делается соответствующая надпись или ставится штамп "Без налога (НДС)".

До недавнего времени в число таких прочих обязанностей лиц, решивших воспользоваться освобождением, налоговики включали и обязанность данных лиц по представлению налоговой декларации. Так, п.3 Инструкции по заполнению декларации по налогу на добавленную стоимость, утвержденной Приказом МНС России от 21.01.2002 N БГ-3-03/25, было предусмотрено, что такие налогоплательщики представляют ее ежеквартально. Первоначально же налоговики вообще требовали ее ежемесячного представления.

Однако само такое требование по представлению налоговой декларации, по мнению многих налоговых экспертов, являлось не бесспорным. Например, нельзя не заметить, что такое требование вступает в противоречие со ст.80 НК РФ, так как "налоговая декларация представляет собой письменное заявление налогоплательщика о исчисленной сумме налога и (или) другие данные, связанные с исчислением и уплатой налога. Налоговая декларация представляется каждым налогоплательщиком по каждому налогу, подлежащему уплате этим налогоплательщиком". Таким образом, представление налоговой декларации по НДС однозначно увязано законодателем только с возможностью уплаты налога в бюджет.

Особо следует упомянуть обязанность лиц, воспользовавшихся правом на освобождение от НДС в некоторых, предусмотренных гл.21 НК РФ случаях, все равно уплачивать данный налог в бюджет.

НК РФ предусматривает три таких случая: если налогоплательщик, воспользовавшийся освобождением от НДС, все-таки выделил сумму НДС в своем счете-фактуре, выставленном покупателю, а также если он является импортером или налоговым агентом.

Первый случай предусмотрен п.5 ст.173 НК РФ. Согласно ему, если налогоплательщик, освобожденный от НДС в соответствии со ст.145 НК РФ, выставил покупателю счет-фактуру с выделением суммы налога, то он должен уплатить в бюджет НДС. В этой ситуации сумма НДС, подлежащая уплате в бюджет, равна сумме налога, указанной в этом счете-фактуре. При этом суммы "входного" НДС по такой реализации на основании нормы пп.3 п.2 ст.170 НК РФ вычету из общей суммы налога не подлежат. Последний вывод подтверждается, в частности, и п.2.11 Методических рекомендаций по НДС.

Второй случай прямо предусмотрен п.3 ст.145 НК РФ. Им установлено, что "освобождение в соответствии с пунктом 1 настоящей статьи не применяется в отношении обязанностей, возникающих в связи с ввозом товаров на таможенную территорию Российской Федерации, подлежащих налогообложению в соответствии с подпунктом 4 пункта 1 статьи 146 настоящего Кодекса".