Выборочное налогообложение по существу означает нерыночный механизм регулирования предпринимательской деятельности, поскольку оно ставит в неравные условия всех субъектов хозяйственной деятельности, что может затруднить развитие конкуренции и препятствовать свободному перемещению капиталов и трудовых ресурсов. Чрезмерная регламентация государством различных видов деятельности может нанести серьезный ущерб предпринимательству за счет "выравнивания" положения предприятий с точки зрения прибыльности бизнеса.

Кроме того, важно подчеркнуть то обстоятельство, что согласно указанным видам деятельности налог на вмененный доход распространяется только на те из них, которые ориентированы на конечного потребителя и где расчеты производятся наличными деньгами.

Такой подход не устраивает те малые предприятия, которые одновременно осуществляют и производство и реализацию. Примером тому служат мини-пекарни, каждая из которых производит продукцию и продает ее через собственный ларек, а часть ее оптом реализует в другие магазины. При этом вмененный же доход определяется только по розничной торговле.